背景介紹：
微衛星標記（Microsatellite）也稱為短串聯重復序列（STR）或簡單重復序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復序列。微衛星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測，并根據片段大小分離等位基因進行分析；擴增后的等位基因可以用多種方法檢測，傳統方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費時費力效率低。華科鑒聯基因科技基于為數百家客戶提供優質的微衛星（STR/SSR檢測）分析服務的經驗，利用ABI遺傳分析儀對熒光標記的DNA片段進行檢測，結合分子量內標對目的DNA片段長度進行計算，使STR分型變得自動化、高效、快捷，結果也更加精確。
項目介紹：
１．微衛星(SSR/STR)引物開發
通過富集微衛星序列，開發出具有一定重復特征的微衛星序列，并且對序列進行多態性和特異性驗證，最 終提交10對具有多態性的微衛星引物。
２．微衛星（SSR/STR）引物篩選
選取部分代表性樣本，利用普通引物進行PCR擴增，然后利用高分辨率芯片電泳或PAGE驗證引物的特異性、擴增效率和基因座多態性等信息。
3．樣本批量擴增
用帶有熒光標記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對批量樣本進行PCR擴增。華科鑒聯基因科技擁有高通量PCR儀平臺，可以滿足大量樣本擴增需求。
４．ABI測序儀檢測
帶有熒光標記的PCR產物進行稀釋后與分子量內標混合，用3730xl等測序儀進行毛細管電泳，并得到原始數據（fsa文件）。
圖2 應用3730xl測序儀檢測得到的原始圖譜
５．原始數據分析
編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜見圖3。
各遺傳分析軟件：
1、 Cervus軟件：等位基因數，觀測雜合度，期望雜合度，多態信息含量等
2、 Genepop軟件：是否偏離Hardy-Weinberg平衡，判斷連鎖不平衡位點，評估種群間遺傳分化指數
3、 Popgene軟件：基因頻率，等位基因數，Nei’遺傳多樣性，基因流，遺傳距離，遺傳分化，聚類分析等
4、 ARLEQUIN軟件：AMOVA分析，種群間遺傳分化等
5、 STRUCTURE軟件：種群結構模式
6、 FSTAT軟件：等位基因頻率，等位基因數，等位基因豐富度，基因多樣性，近交系數，種群分化等
7、 Bottleneck軟件：種群動態分析
